——由 不想紧张的呆羽 整理编写
*AD4 允许的可旋转键数量最大值为 32，即配体与柔性氨基酸可旋转键数量之和应小于 32。
(资料图)
对接受体：MoPE.pdb
对接配体：modelsub.pdb
柔性氨基酸：S189，D234 和 H264
1. 在 D 盘新建工作文件夹 docking（D:\AutoDock\docking，路径中不得出现中文）；
2. 将 autodock4.exe, autogrid4.exe, adt.bat, MoPE.pdb 和 modelsub.pdb 移入工作文件夹；
3. 打开 AutoDockTools-1.5.6，菜单栏 File-Preferences-Set，单击后进入 Set User Preferences 子菜单；
4. 在 General 选项卡下找到 Startup Directory 设置，输入工作目录 D:\AutoDock\docking 后，点击后方 Set，如果需要将此目录设置为默认对接目录，可点击后方 Make Default。
1. 点击菜单栏 File-Read Molecule 后进入文件夹，选择 MoPE.pdb 后点击打开；
2. 点击菜单栏 Edit-Hydrogens-Add，弹出子菜单后点击 OK；
3. 点击菜单栏 Edit-Delete Water；
4. （如果配体中含有对接不需要的小分子成分，可在 Dashboard 中选中相应的原子，点击 Edit-Delete-Delete Selected Atoms 删除该成分。）
5. 点击菜单栏 Edit-Charges-Compute Gasteiger，弹出对话框后点击确定；
6. 点击工具栏 Grid-Macromolecule-Choose，在子菜单中选中 MoPE.pdb 后点击 Select Molecule，弹出 WARNING 对话框后点击确定，弹出文件夹后点击保存。
7. 点击 Edit-Delete-Delete All Molecules 清空 Dashboard，防止 MoPE.pdb 干扰后续操作。
1. 点击菜单栏 File-Read Molecule 后进入文件夹，选择 modelsub.pdb 后点击打开；
2. 点击菜单栏 Edit-Hydrogens-Add，弹出子菜单后点击 OK；
3. 点击菜单栏 Edit-Charges-Compute Gasteiger，弹出对话框后点击确定；
4. 点击工具栏 Ligand-Input-Choose，选中 modelsub.pdb 后点击 Select Molecule for AutoDock4，弹出 summary for modelsub.pdb 对话框后点击确定；
5. 点击工具栏 Ligand-Torsion Tree-Detect Root;
6. 点击工具栏 Ligand-Torsion Tree-Choose Torsions，弹出 Torsion Count 子菜单，建议保持默认设置，点击 Done；
7. 点击工具栏 Ligand-Torsion Tree-Set Number of Torsions，弹出 Set Number of Torsions 子菜单，建议保持默认设置，若 Torsion 过多，可酌情减少数量，点击 Dismiss；
8. 点击工具栏 Ligand-Output-Save as PDBQT，弹出文件夹后点击保存。
9. 点击 Edit-Delete-Delete All Molecules 清空 Dashboard，防止 modelsub.pdb 干扰后续操作。
1. 点击工具栏 Flexible Residues-Input-open macromolecule，弹出文件夹后选择 MoPE.pdbqt，点击打开；
2. 在 Dashboard 点开三角按钮展开 MoPE，选中 Ser189，Asp234 和 His264；
3. 点击工具栏 Flexible Residues-Choose Torsions in Currently Selected Residues，弹出 Torsion Count 子菜单，点击 Close；
4. 点击工具栏 Flexible Residues-Output-Save Flexible PDBQT，弹出文件夹，在文件名栏输入 MoPE_flex.pdbqt 后点击保存；
5. 点击工具栏 Flexible Residues-Output-Save Rigid PDBQT，弹出文件夹，在文件名栏输入 MoPE_rigid.pdbqt 后点击保存。
1. 点击工具栏 Grid-Macromolecule-Open，弹出文件夹，选中 MoPE_rigid.pdbqt 后点击打开，随后弹出的一系列对话框点击 Yes/确定/OK；
2. 点击工具栏 Grid-Set Map Types-Open Ligand，弹出文件夹，选择 modelsub.pdbqt 后点击打开；
3. 点击工具栏 Grid-Set Map Types-Open FlexRes，弹出文件夹，选择 MoPE_flex.pdbqt 后点击打开；
4. 点击工具栏 Grid-Grid Box，弹出 Grid Options 子菜单，调整对接盒子的位置和大小，完成后点击子菜单 File-Close saving current；
5. 点击工具栏 Grid-Output-Save GPF，弹出文件夹，在文件名栏输入 MoPE.gpf 后点击保存；
6. 点击工具栏 Run-Run AutoGrid，在弹出的子菜单中找到 Parameter Filename 一栏，点击后方的 Browse，在弹出的文件夹中选中 MoPE.gpf 后点击打开，点击子菜单下方的 Launch，等待 AutoGrid 运行结束。
1. 点击工具栏 Docking-Macromolecule-Set Rigid Filename，在弹出的文件夹中选择 MoPE_rigid.pdb 后点击打开；
2. 点击工具栏 Docking-Macromolecule-Set Flexible Residues Filename，在弹出的文件夹中选择 MoPE_flex.pdb 后点击打开；
3. 点击工具栏 Docking-Ligand-Choose，在弹出的子菜单中选中 modelsub 后点击 Select Ligand，对于随后弹出的对话框，建议保持默认设置，点击 Accept;
4. 点击工具栏 Docking-Search Parameters-Genetic Algorithm，对于弹出的对话框，建议保持默认设置，点击 Accept；
5. 点击工具栏 Docking-Docking Parameters，在弹出的最后一个对话框点击 Accept；
6. 点击工具栏 Docking-Output-Lamarckian GA(4.2)，在文件名栏输入 MoPE.dpf 后点击保存；
7. 使用记事本打开 MoPE.dpf ,建议将倒数第二行“ga_run 10”改为“ga_run 50”，即将运行次数设为 50 次，保存修改；
8. 点击工具栏 Run-Run AutoDock，在弹出的子菜单中找到 Parameter Filename 一栏，点击后方的 Browse，在弹出的文件夹中选中 MoPE.dpf 后点击打开，点击子菜单下方的 Launch，等待 AutoDock 运行结束。
1. 点击 Edit-Delete-Delete All Molecules 清空 Dashboard，便于查看对接结果。
2. 点击工具栏 Analyze-Dockings-Open，在弹出的文件夹中选中 MoPE.dlg 后点击打开；
3. 点击工具栏 Analyze-Macromolecule-Open;
4. 点击工具栏 Analyze-Conformations-Play, ranked by energy;
5. 可选择合适的构象导出复合体，用于后续分析。
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